يروي "أبو زعبل 1989" روايتين متوازيتين لجيلين مختلفين. هو رحلة شخصية حميمة لشاب مع والده لاسترجاع لحظات مهمّة من حياتهما الشخصية ومن تاريخ المقاومة السياسية في مصر. تكشف قصتهما حياة مليئة بالمآسي والانتصارات، بدءاً بالتوقيف الوحشي ل 52 رجلاً في سجن أبو زعبل عام 1989 مُلخَّص: تعرَّضَ 52 رجلاً من الحركة الاشتراكية للتعذيب الشديد في السجن بعد أشهر من الإضرابات العُمّاليّة. يقرّرُ بسّام مُرتَضى، وهو إبن أحد هؤلاء الرجال، أن يصنع فيلماً وثائقياً عن معنى تلك الأحداث بالنسبة له ولعائلته ولمجتمع الأصدقاء الاشتراكيّين. تتكشف في الفيلم روايتان متوازيتان: رواية الأب ورواية الإبن، الذان يحاولان معاً استرجاع ذكريات الماضي. عندما قرر الأب مغادرة شقّته القديمة، عثر على شرائط كاسيت هي عبارة عن رسائل صوتية أرسلها الأب إلى نجله عندما هَجَرَ هذا الأخير عائلته يائساً وغادر بلده مصر. شكّلت تلك الرسائل الصوتية محفّزاً لتذكّر الماضي والتَّفكّرِ فيه. ما الذي حصل؟ ماذا جرى لأحلامهم الشَّخصية والسّياسية؟ دفعت الملاحقات السّياسية القضائيّة بالأب نحو العزلة، فهجر عائلته مُحَمَّلاً بالذَّنب. يعرضُ بسّام، الإبن الذي ترعرع في كنف عائلةٍ ناشطة سياسيّا، مشاعره المختلطة تجاه قرارات والده. لقد أثَّرَ العيش وسط عائلة ناشطة على الابن، وهو اليوم يكافح إذ يواجع المصير نفسه. يعيش بسّام تحت وطأة نظام قمعي ويلازمه عبء رؤية أصدقاءه النّاشطين في السجن.